Unter strukturellen Problemem werden all jene Faktoren zusammengefasst, die aufgrund von anatomischen Gegebenheiten entstehen. Dies kann eine etwas verlagerte Niere genauso sein wie verschobene Wirbel oder sehr große Kieferhöhlen.

Das häufigste und wichtigste Problem auf dieser Ebene ist ein falscher Biss, der sich über eine Belastung des Kiefergelenks weiter auf die Kopfgelenke, die Halswirbelsäule, die gesamte Wirbelsäule und das Becken bis in die Füße auswirkt.

Ein falscher Biss kann auf unterschiedlichste Art und Weise entstehen. Abgesehen von der Anlage der Zähne kann die Entwicklung des Gaumens durch dauerhaft behinderte Nasenatmung im Kindesalter zu schwach ausfallen, wodurch das Größenverhältnis von Ober- und Unterkiefer nicht mehr stimmt.
Bei Erwachsenen können nicht exakt gefertigte Inlays oder Prothesen für eine nachträgliche Verschiebung der Kiefergelenke verantwortlich sein.

Die Zusammenarbeit mit einem aufgeschlossenen Zahnarzt ist bei Kiefergelenksproblemen unerlässlich.